Trong quá trình lịch sử, đơn vị hành chính cấp cơ sở luôn có sự thay đổi về địa danh, địa giới và cơ cấu thể chế hành chính cho phù hợp với từng thời kỳ. Khi thành lập huyện Hiệp Hòa - đầu thời Lê có 22 xã, 2 trại. Cuối thế kỉ XV, huyện Hiệp Hòa có 34 xã. Đầu triều Nguyễn, Hiệp Hòa có 9 tổng (51 xã) trong đó có xã Hoàng Vân. Năm 1930, Hiệp Hòa có 9 tổng gồm: Hoàng Vân, Cẩm Bào, Đông Lỗ, Đức Thắng, Gia Cát, Mai Đình, Ngọ Xá, Quế Trạo, Ngọc Thành. Tổng Hoàng Vân có khoảng 450 suất đinh, gần 4.000 người.
Cách mạng tháng 8 năm 1945 thành công, dưới chính thể Việt Nam dân chủ cộng hòa, cấp tổng bị xóa bỏ và có sự thay đổi điều chỉnh đơn vị hành chính cấp xã thôn, tổng Hoàng Vân chia thành 2 xã Tiền Tiến và Đồng Tiến. Năm 1954, hai xã Tiền Tiến và Đồng Tiến chia thành 4 xã: Quyết Tiến, Hoàng An, Thanh Vân, Đồng Tân. Xã Quyết Tiến (Hoàng Vân) gồm 4 thôn: Vân Xuyên, Liễu Ngạn, Vạn Thạch, Lạc Yên.
Ngày 27/10/1962, tại kỳ họp thứ 5, Quốc hội khóa II, quyết định sát nhập tỉnh Bắc Giang và tỉnh Bắc Ninh thành tỉnh Hà Bắc. Xã Quyết Tiến (Hoàng Vân) thuộc huyện Hiệp Hòa, tỉnh Bắc Giang. Năm 1971, xã Quyết Tiến đổi tên thành xã Hoàng Vân gồm 4 thôn: Vân Xuyên, Liễu Ngạn, Vạn Thạch, Lạc Yên. Ngày 06/11/1996, tại kỳ họp thứ IX quyết định phê chuẩn việc tách tỉnh Hà Bắc thành 2 tỉnh Bắc Giang và Bắc Ninh. Từ ngày 01/01/1997, xã Hoàng Vân thuộc huyện Hiệp Hòa, tỉnh Bắc Giang. Ngày 28/6/2012 UBND tỉnh Bắc Giang ban hành Quyết định số 827/QĐ-UBND về việc chia tách thôn Lạc Yên, xã Hoàng Vân thành 3 thôn: thôn Lạc Yên 1, Lạc Yên 2, Lạc Yên 3.
Đến năm 2020, xã Hoàng Vân có 1.463 hộ, 6.387 nhân khẩu, sinh sống tại 6 thôn. Đảng bộ xã có 249 đảng viên hiện đang sinh hoạt ở 11 chi bộ trong đó có 6 chi bộ nông nghiệp, 03 chi bộ nhà trường, 01 chi bộ Trạm y tế và 01 chi bộ Công an xã. Năm 2019, xã đã hoàn thành 19/19 tiêu chí về đích nông thôn mới theo Quyết định số 2143/QĐ-UBND ngày 29/12/2016 của Chủ tịch UBND tỉnh Bắc Giang và được UBND tỉnh Bắc Giang ban hành Quyết định số 1880/QĐ-UBND ngày 13/11/2019 công nhận xã Hoàng Vân, huyện Hiệp Hòa đạt chuẩn nông thôn mới. Bộ mặt nông thôn có nhiều khởi sắc, cơ sở hạ tầng, điện, đường, trường, trạm, nhất là cứng hóa đường giao thông nông thôn được phát triển mạnh mẽ. Thực hiện chương trình mục tiêu quốc gia về xây dựng nông thôn mới đã đem lại những thay đổi tích cực về đời sống, cơ sở hạ tầng cũng như cảnh quan môi trường nông thôn trên địa bàn xã.
Trong những năm qua tình hình an ninh chính trị, trât tự an toàn xã hội trên địa bàn toàn xã tương đối ổn định, an ninh quốc phòng được đảm bảo và giữ vững, các nghĩa vụ đối với Nhà nước, cấp trên đều hoàn thành, cán bộ, đảng viên luôn đoàn kết thống nhất, Nhân dân đồng thuận, đời sống vật chất và tinh thần của Nhân dân ngày được cải thiện và nâng cao, cơ sở hạ tầng kỹ thuật được phát triển mạnh mẽ, bộ mặt nông thôn ngày càng khang trang đổi mới
